El Templo de Santa Clara fue construido por don Diego de Tapia,
hijo del fundador de Querétaro, don Fernando de Tapia,
también conocido por su nombre indígena de Conín.
A principios del siglo XVII dueño de cuantiosa fortuna y padre de una hija llamada María Luisa,
fue convencido de que fundara un convento de monjas clarisas, y que su hija tomara los hábitos de dicha orden.
El 8 de enero de 1606 se protocolizaron las escrituras, para la fundación del convento, mediante la aportación inicial de 50 mil pesos, y lo necesario para su mantenimiento.
Durante la Colonia, fue uno de los conventos más grandes e importantes de la Nueva España,
pero en la actualidad sólo quedan la iglesia y un pequeño anexo, ya que buena parte de él fue destruido durante la guerra de Reforma.
Al iniciar la guerra de Independencia sirvió de prisión a doña Josefa Ortiz de Domínguez.
El edificio conventual ocupó una extensión de tres manzanas, en las actuales calles de Madero, Allende, Guerrero e Hidalgo, del cual sólo permanece en pie, el templo, el cual resguarda en la nave seis espléndidos retablos del siglo XVIII y uno del 19, además de lienzos, esculturas y retablos en los coros y otros de menores dimensiones en la sacristía,
el bautisterio y otras dependencias administrativas.
Quedan vestigios del primer templo, la fachada de una de las 13 capillas del interior, la portería del convento y el espacio del claustro mayor ocupado hoy por los Tribunales de la Federación.
El actual templo de Santa Clara, fue terminado el 12 de agosto de 1668 , y convertido en sede de la Parroquia del Sagrado Corazón en 1921.
El templo cuenta con un museo , galería,ubicado en la calle Allende 1, esquina con Madero. Ahí encontrarán una amplia gama de artículos como fotografías y libros sobre el lugar.
Con la adquisición de estos productos se ayuda también a la restauración.
Una Característica de la zona es la hermosa fuente de Neptuno, que se ubica en la esquina del templo, misma que fue obra del escultor Francisco Eduardo Tresguerras. El sitio original de esta fuente fue en la esquina de Av. Corregidora y 16 de septiembre, hoy Plaza de la Corregidora y antiguamente Mercado de San Antonio