Fue fundada, el 24 de febrero de 1951, a raíz de la clausura, del Antiguo Colegio Civil,
Obtuvo la autonomía, el 5 de Febrero de 1959.
Su misión es: «Participar positivamente, en el desarrollo del Estado de Querétaro, y del país, a través de impartir educación en sus distintos tipos y modalidades, del nivel medio superior, y superior».
Antecedentes históricos: de los colegios jesuitas, a la Universidad de Querétaro.
En el año de 1625, el doctor Diego de Barrientos y Rivera, y su esposa doña María de Lomelín, hicieron un generoso donativo, en beneficio de la Compañía de Jesús, con el propósito de fundar, un colegio jesuita, en Querétaro.
Se nombró como primer rector del nuevo colegio, al padre Pedro Cabrera, mismo que procedió a la compra de las propiedades donde se establecería el Colegio de San Ignacio de Loyola, el 20 de agosto, de 1625, y que funcionaría como tal hasta el año de 1767, cuando fueron expulsados de Querétaro, los miembros de la Compañía de Jesús.
Tras la reiterada petición de don José de la Vía y Santelices, se ordena, el 26 de septiembre de 1772, la reapertura, de los colegios de San Ignacio y de San Francisco Javier, mismos que serían regidos por los clérigos seculares de la ciudad de Querétaro.
El 2 de marzo, de 1778, se reabren oficialmente las clases. El rector en turno sería el cura y juez eclesiástico, José Antonio de la Vía y Santelices, quien comprendió siete años de rectorado hasta el 15 de padre Pedro Cabrera de 1785, fecha en la que falleció.
El 12 de septiembre, de 1831, el Congreso Federal expidió un decreto mediante el cual, los colegios fundados por los jesuitas quedaban bajo el amparo de los estados de la Federación.
El Gobernador en Querétaro, Manuel López Ecala, de inmediato designó como rector, al Bachiller, Manuel de Ochoa y Díaz.
Tras la caída del Imperio de Maximiliano de Habsburgo , en mayo de 1867, el presidente Benito Juárez , nombra a Julio M. Cervantes, como gobernador de Querétaro, quien a su vez comisiona al licenciado Próspero C. Vega para la reapertura de los antiguos colegios jesuitas.
Finalmente, el 15 de Enero de 1869, los antiguos colegios de San Francisco, y San Ignacio, se funden en un solo plantel con el nombre de, Colegio Civil del Estado.
El 1 de Octubre de 1949, toma posesión como gobernador del estado, el coronel y doctor, Octavio S. Mondragón, quien impulsaría la creación de la Universidad de Querétaro.
El 24 de Febrero de 1951, se inaugura, la Universidad de Querétaro, y el licenciado, Fernando Díaz Ramírez, es el primer rector de esta casa de estudios.
El 30 de septiembre de 2022, estudiantes de la máxima casa de estudios de Querétaro, realizaron un paro general en el que manifestaron la insuficiencia, de la Unidad de Atención de Violencia de Género ,(UAVIG), para resolver los casos de violencia de género dentro de la institución, ya que esta realizaba procesos revictimizantes, así como también realizar «carpetazos».
Además, expresaron su inconformidad ante la insuficiencia de las acciones realizadas desde rectoría para resolver la situación.
El paro terminó el día, 29 de Octubre, del mismo año, marcando una nueva etapa dentro, de la universidad, y un nuevo capítulo importante dentro ,de la historia de Querétaro.
