El edificio que es hoy la Catedral de Querétaro fue levantado entre los años de 1786 y 1804, por la Orden de San Felipe Neri, a petición del padre Martín de San Cayetano,
Con el patrocinio de don Melchor Noriega y de la testamentaría de doña María Cornelio Codellos, El padre don Dimas Diez de Lara.
El templo fue dedicado en mayo de 1800 y cuando se dieron por terminadas las obras del templo y del claustro anexo el 19 de septiembre de 1805, el Cura Miguel Hidalgo y Costilla realizó la solemne bendición.
Medio siglo después el edificio sufrió grave deterioro por lo que fue renovado en 1894.
Abandonado por la orden, el obispo Francisco Banegas, luego del frustrado intento de erigir una catedral en 1912, en lo que hoy es el Jardín Guerrero, pidió a la Santa Sede la donación del templo para instalar ahí la Catedral y el Seminario, lo cual fue autorizado en 1921 , Y declarado catedral por el Papa Benedicto XV.
Siendo consagrada como tal en julio de 1931.
Se trata de una de las últimas obras levantadas durante le periodo colonial, por lo cual refleja la transición entre dos estilos: del barroco al neoclásico, con acabado exterior de cantera y tezontle.
Es de una sola nave, con cúpula y crucero y cuenta con una sola torre en la parte superior derecha, inconclusa.
La fachada del templo es quizá la más acabada de Querétaro.
Cuenta con dos cuerpos.
En el primero, enmarcan la entrada principal, con arco de forma poligonal, cuatro esbeltas columnas.
Dos a cada lado de la puerta.
A los lados de ésta, en la parte baja, dos pequeñas estatuas, una de un libro con un rosario y la otra de un águila, que representan al evangelio según San Juan.
Sobre el arco de la puerta, un grande y detallado bajorrelieve que representa a San Felipe Neri.
El segundo cuerpo cuenta con cuatro pares de columnas, que terminan también en capiteles corintios, dos a cada lado, entre los cuales se encuentran medallones con bajorrelieves.
La parte central la ocupa la ventana del coro, de arco moldurado.
La cúpula mide 59 metros de altura.
Restaurada después del Concilio Vaticano II, su decorado se conservó neoclásico, con altares de cantera, muy austero.
Destaca el altar principal con el grupo escultórico de los apóstoles Juan, Pablo y Santiago.
Obra de Mariano Arce.
El anexo es muy sobrio y conventual; durante mucho tiempo fue utilizado como bodega de granos y materiales; rescatado a principios de los años ochenta.
