El municipio de San Juan del Río fue la zona habitada por la antigua cultura Otomí hacia el año 400 a. C. a 900;
Su altitud va de los 1920 metros y está a 51 kilómetros de la capital del estado.
El porcentaje territorial que ocupa el Municipio de San Juan del Río es de 6.9 % de la superficie del estado. Colinda al norte con los municipios de Pedro Escobedo y Tequisquiapan y los estados de Hidalgo y México; al sur con el estado de México, al oeste con los municipios de Amealco de Bonfil, Huimilpan y Pedro Escobedo
A lo largo de estos años la población y los patrones de asentamientos presentaron cambios, de la cual se establecen tres etapas:
La primera abarca desde 500 a. C. hasta 100 d. C. En este lapso se establecieron grupos seguramente provenientes del suroeste de Guanajuato y que identificamos con la llamada » Cultura Chupícuaro «.
La segunda etapa de ocupación se considera entre los años 100 d. C. y 700 d. C.
En los inicios de esta etapa llegaron a la región grupos provenientes de la Cuenca de México.
Hacia 450 d. C. se había creado, al parecer por grupos teotihuacanos, un gran centro de poder en el Rosario, a escasos siete kilómetros al noreste del cerro de la cruz, y este último, aunque continuó con su carácter de centro ceremonial, perdió su relevancia original.
La etapa comprendida entre
Estas ruinas arqueológicas recientemente encontradas en el municipio, han sido fechadas no con exactitud por la falta de recursos investigativos, sin embargo se plantea que hay vestigios para establecer que dichas ruinas fueron habitadas a finales del periodo clásico y principios del posclásico entre los años 600 y 1000 d. C.,
Esta zona fue habitada por grupos Chichimecas hasta la conquista de los españoles y se identifica que dichas ruinas fueron habitadas específicamente por la cultura Otomí.
Fundación
Poco después de la conquista española en la zona del Bajío, San Juan del Río tuvo sus primeros habitantes por un indio Otomí proveniente de Jilotepec, que viajaba junto con un grupo de pacificadores.
Todo el batallón iba asesorado por un pequeño grupo de soldados españoles, así como uno o dos religiosos.
El municipio se fundó el 24 de junio de 1531 como una villa. Como una frontera de salvaguarda durante la confrontación de los chichimecas y los virreinales.
Además se dice que la ocupación del lugar no se consigna como una etapa violenta, por el contrario, parece ser que no se recurrió a la fuerza de la espada.
Durante todo el Virreinato y hasta mediados del presente siglo, la Jurisdicción de San Juan del Río se compuso de tres Partidos o Feligresías: el Pueblo de San Juan del Río, la de Santa María de la Asunción de Tequisquiapan, y el de Santa María de los Montes de Amealco.
Una vez fundada la villa y dada por conquistada pacíficamente, se comenzó la labor organizativa y de edificación; se erigió la primera capilla del pueblo construida por los religiosos franciscanos y se realizó el trazado de las calles principales.
En el siglo xvi se construyó uno de los primeros elementos urbanos de unos comunitarios que fue el puente sobre el río de San Juan en 1561 ( hoy avenida Benito Juárez ),
Que durante la época de lluvias dejaba incomunicada a la población.
A principios del siglo xviii, a instancias del gobierno virreinal se volvió a reconstruir el puente, teniendo como resultado uno mucho más sólido y vistoso que los dos anteriores: construido sobre cinco arcos y placas de cantera que a la fecha se mantienen vigentes.
Este puente se concluyó el 23 de enero de 1722 gobernando el Excelentísimo Sr. Duque de Linares.
Además de este relevante elemento urbano, empezaron a ganar terreno las iglesias, templos y conventos con su respectiva influencia ideológica. El antiguo casco urbano de San Juan del Río es similar al de Querétaro, en el cual quedaron incluidos dos tipos de trazado, la traza irregular que se supone fue la zona indígena antigua en donde se edificó el templo para indígenas del Calvario.
Los años medios del siglo xvii fueron testigos de esta intensa actividad. Uno de los primeros edificios fundados, fue el del Convento de la Preciosa Sangre de Nuestro Señor Jesucristo, mismo que sirvió para atender a los misioneros Dominicos.
En 1693 se inició la construcción de una nueva Iglesia Parroquial, misma que fue consagrada el 25 de julio de 1729 y dedicada al santo patrón de la ciudad, san Juan Bautista.
En la actualidad tiene como patrona a la Virgen María bajo la advocación de Guadalupe, con una imagen fechada el 12 de octubre de 1767 de autoría anónima.
Por esas mismas fechas se concluyó la construcción del templo y convento de Santo Domingo; el mencionado convento se localiza en la calle principal de San Juan del Río.
En lo civil y de gobierno, San Juan del Río estaba administrado a través del Juez ordinario de la Jurisdicción,
Un teniente provincial del Real Tribunal de la Acordada, y tres tenientes particulares. Además de un gobernador, la república de indios estaba organizada por dos alcaldes, tres alguaciles mayores, tres jueces de sementeras y un escribano real; adicionalmente había varios oficiales y topiles, y ocho mandones o tableros, uno por cada barrio del pueblo
El 3 de abril de 1847, en el marco de la guerra entre México y los Estados Unidos, el gobierno del Estado otorgó a la entonces Villa de San Juan del Río el título de ciudad.
En 1863, Don Benito Juárez, en su huida a San Luis Potosí, pernoctó en San Juan del Río y, en 1867, Maximiliano de Habsburgo lanzó en esta ciudad una de sus últimas proclamas, en la cual exhortaba a la población a defender la Independencia y el orden interior del país. Posteriormente, en el Cerro de las Campanas de la ciudad de Querétaro fue fusilado junto a los generales Miramón y Mejía.
En la última década del siglo xix San Juan del Río participó del desarrollo ferroviario al tenderse la vía del Ferrocarril Nacional Mexicano. Entre 1960 y 1970,
San Juan del Río inició su transformación urbana, económica y social dado al proceso industrializador, comercial y de comunicaciones; factores que han colocado actualmente a este municipio como el segundo en importancia en el Estado de Querétaro
